混沌军团
何露斯死后，剩余的反叛者遁入了恐惧之眼中，在那里，邪神的力量庇护着他们，也扭曲着他们身体和灵魂，反叛的基因原体大都获得了邪神的眷顾，成为了比起初更强大的恶魔亲王，在此后的一万年里，他们不断的向帝国发动着进攻，企图夺回他们未能得到的一切。何露斯最宠爱的部属，影月之狼第一连的连长阿巴顿，继承了何露斯的地位与遗愿，成为了混沌军团的大司战，谋划着对帝国的进攻，他一共发动了十三次黑色圣战，但以无数星际战士和帝国卫队士兵的牺牲为代价，混沌的力量依然被阻挡在卡第安门之后。
现在，混沌星际战士们的装备比帝国星际战士的稍微落后，但他们有邪神的加持和恶魔的辅助，以及上万年的战斗经验，这使得他们成为银河间最可怕的邪恶士兵，不过，大多数时候混沌军队的主力依然是被邪神诱惑的普通人类士兵--混沌的力量不断的抓住人类灵魂深处的软弱，把他们拉入黑暗的深渊，背叛也许是人类的天性，在帝国一万多年的历史中，来自背后的尖刀总是和来自前方的强敌同样的致命。
现存的混沌星际军团共有九个，他们相互间的差异远比帝国的星际战士军团之间的差异要大，这其中，
有信奉鲜血与战争之神恐虐的吞世者，他们会疯狂的挥舞链斧杀入敌群，即使身受重伤也浑然不觉;
有失去了肉体只剩下灵魂被禁锢在铠甲中的千疮之子，缓慢而无声的推进，用欺诈之主奸奇的魔法与机械的力量共同播散死亡;
有浑身长满脓疱与毒疮的死亡守卫，给他们所到之处带来衰败之主纳垢最致命的瘟疫;
还有狂热追寻感官刺激的帝王之子，用刺耳的声波武器来执行色孽的意愿，但也有一些背叛者并不忠于某一个特定的邪神，比如传道者军团，他们将四大邪神作为一个整体来崇拜，并且热衷于在各个星球建立崇拜邪神的信仰，
钢铁战士军和午夜领主军团则把依靠邪神和恶魔看作懦弱的行径，
而现在改名为黑色军团的影月之狼，他们可以随时感受到某一位邪神的召唤而获得特殊的能力，他们虽然会被恶魔附体，但他们相信那只是暂时，终有一日他们会赢回高贵的自我;
甚至还有阿尔法军团这样并不进入恐惧之眼，而是在帝国的疆域中神出鬼没的进行渗透和破坏的军团。